Persyarikatan Muhammadiyah didirikan oleh K.H Ahmad Dahlan dikampung Kuman Yogyakarta pada tanggal 8 Dzulhijah 1330 H/18 November 1912. Persyarikatan Muhammadiyah didirikan untuk mendukung usaha K.H Ahmad Dahlan dalam memurnikan ajaran Islam yang dianggap banyak dipengaruhi hal-hal mistik. Kegiatan ini pada awalnya juga memiliki basis dakwah untuk wanita dan kaum muda berupa pengajian Sidratul Muntaha. Selain itu peran dalam pendidikan diwujudkan dalam pendirian sekolah dasar dan Sekolah Dasar dan Sekolah Lanjutan, yang dikenal sebagai Hooge School Muhammadiyah dan selanjutnya berganti nama menjadi Kweek School Muhammadiyah, sekarang dikenal dengan Madrasah Mu’Alimin khusus laki-laki, yang bertempat di Patangpuluhan Kecamatan Wirobrajan dan Mu’allimaat Muhammadiyah khususnya perempuan, di Suronatan Yogyakarta.
Pada masa kepemimpinan Ahmad Dahlan (1912 – 1923), Pengaruh Muhammadiyah terbatas disekitar Yogya. Pada tahun 1925, Abdul Karim Amrullah membawa Muhammadiyah ke Sumatera Barat dengan membuka cabang di Sungai Batang Agam. Dalam tempo yang relative singkat, arus gelombang Muhammadiya telah menyebar ke seluruh ke seluruh Sumatera Barat dan dari daerah inilah kemudian Muhammadiyah bergerak keseluruh Sumatera, Sulawesi, dan Kalimantan. Pada tahun 1938, Muhammadiyah telah tersebar ke seluruh Indonesia.
Tujuan utama Muhammadiyah adalah mengembalikan seluruh penyimpangan yang terjadi dalam proses dakwah. Penyimpangan ini sering menyebabkan ajarin Islam bercampur baur dengan kebiasaan didaerah tertentu dengan alas an adaptasi.
Gerakan Muhammadiyah bercirikan semangat membangun tata social dan pendidikan masyarakat yang lebih maju dan terdidik. Menampikan ajarin Islam bukan sekedar agama yang bersifat pribadi dan statis, tetapi dinamis dan berkedudukan sebagai system kehidupan manusia dalam segala aspeknya. Akan tetapi, ia juga menampilkan kecenderungan untuk melakukan perbuatan yang ekstrem.
Selama satu abad Persyarikatan Muhammadiyah telah dipimpin oleh 14 Ketua Umum, yaitu : KH Ahmad Dahlan (1912 – 1923); KH Ibrahim (1923 – 1932); KH Hisyam (1932 – 1936); KH Mas Mansyur (1936 – 1942); Ki Bagoes Hadi Kusumo (1942 – 1953); Buya AR Sutan Mansur (1953 – 1959); HM Yunus Anis (1959 – 1962); KH Ahmad Badawi (1962 – 1968); KH Faqih Usman (1968 – 1971); KH AR Fahruddin (1971 – 1990); KHA Azhar Basyir (1990 – 1995); Amien Rais (1995 – 2000); Syafii Ma’arif (2000 – 2005); Din Syamsudin (2005 – Sekarang).